La France libre l'adopta pour symbole suite à la proposition du Vice-Amiral Emile Muselier  faite au Général Charles de Gaulle, le 1er juillet 1940, en présence du Capitaine de Corvette Thierry d'Argenlieu pour lutter contre la croix gammée.

Dans son Ordre général n°2 du 3 juillet 1940, le Vice-Amiral Émile Muselier, nommé l'avant-veille au commandement des forces navales et aériennes françaises libres, créa pour les forces françaises ralliées au Général de Gaulle un pavillon de beaupré (carré bleu avec, au centre, la Croix de Lorraine en rouge par opposition à la croix gammée) et pour les avions, une cocarde à Croix de Lorraine .

Le Vice-Amiral Muselier était d'origine lorraine et les armes du 507ème Régiment de Chars de Combat que commandait le Colonel de Gaulle au moment de la guerre comportaient une Croix de Lorraine. Le pavillon fut modifié après deux ou trois mois : il était trop sombre. Dans le modèle définitif, il était bleu, blanc, rouge. Le blanc était en forme de losange et comportait une croix de Lorraine rouge non tréflée. Ce pavillon restera pour les futurs navires de la Marine nationale auxquels sera donné le nom d'un ancien bâtiment des Forces navales françaises libres (FNFL).

Le symbole a été adopté ensuite par tous les Français libres et figurera sur de nombreux insignes (insigne émaillé porté par le Général de Gaulle), notamment sur la Croix de l'Ordre de la Libération créée en novembre 1940, sur la Médaille de la Résistance française créée en février 1943, sur la Médaille commémorative des services volontaires dans la France libre, créée en avril 1946. La Croix de Lorraine est également présente sur des monuments et sur les timbres créés sous les gouvernements du Général de Gaulle.